W moim przypadku to wyglądało trochę inaczej: część książek miało zaniżane ceny, część zawyżone, rzecz jasna ogólna suma się zgadzała, odbierałam książki na dworcu. A to z czego wynikło?
Od razu złośliwa!
Cena sumarycznie się zgadza, to fakt, ale żadna z książek na paragonie nie miała ceny takiej, po jakiej je kupowałam. 
To żart był z tą złośliwością

A co do niezgadzających się cen, to wygląda to tak, jak opisałem wyżej, czyli w grę wchodzą przede wszystkim koszty wysyłki. Ale czasami również "zamieszanie" spowodowane jest przyjęciem dostaw, które w dużej części importowane są do systemu automatycznie. Program, który to robi zmienia czasami delikatnie ceny sprzedaży - w zasadzie o 1 zł w jedną lub drugą stronę. I wtedy osoba wystawiająca paragon nie poprawia już ceny sprzedaży, bo i tak musi doliczyć to którejś pozycji na paragonie koszty wysyłki. Więc po co robić zbędną robotę.
W 99% nikt na to nie zwraca uwagi, gdyż kwota ogólna się zgadza (ceny za książki + koszty wysyłki), a różnice takie, jak podajecie wyżej, nie zdarzają się często, a jak już, to są minimalne.
Co innego jeśli ktoś chce fakturę VAT, wtedy pilnujemy, żeby ceny były takie, jak na zamówieniu (chociaż i wtedy doliczamy koszty przesyłki, ale zazwyczaj do jednej książki, nie rozbijamy na kilka pozycji).
Uff, to się rozpisałem... No ale mam nadzieję, że wyjaśniłem Wasze wątpliwości dziewczyny?